No Sacro Império Romano-Germânico, apesar da paz religiosa de 1555, subsistiam alguns conflitos religiosos. As vitórias militares da Contra-Reforma no Baixo Reno e na Baviera recrudesceram os temores do partido protestante; consequentemente, em 1608, alguns Estados reformistas congregaram-se na União Protestante, que, no ano seguinte, em 1609, se opôs à Liga Católica, sob o comando da Baviera, ambas aliadas a potências estrangeiras que lhes davam cobertura.
A Guerra dos Trinta Anos despoletou devido ao clima de tensão entre a nobreza protestante da Boémia e os Habsburgos, mais concretamente a eleição do arquiduque Fernando como rei da Boémia, carecendo do beneplácito das ordens sociais desta entidade política; destruição de igrejas protestantes e generalizado menosprezo pelos direitos da nobreza local protestante. Todavia, em 1618 surgiu o pretexto para o início da guerra: a Defenestração de Praga, que afectou os conselheiros imperiais, seguida da escolha do príncipe eleitor, Frederico V do Palatinato, como rei da Boémia, originando repercussões em boa parte do império e do Reino da Dinamarca. Os exércitos católicos iam triunfando, sob o comando de João Taerclaes, o conde de Tilly, e posteriormente de Albert de Wallenstein, conde de Friedland, enquanto os opositores aos Habsburgos permaneciam à margem. A Espanha, por seu lado, reiniciou a ofensiva contra as Províncias Unidas.
Em 1629, o protestantismo alemão foi todo ele subjugado, vendo-se a Dinamarca coagida a assinar a paz. Os intentos de Fernando II, imperador de 1619 a 1637, e do seu chefe militar, Wallenstein, rumavam, aparentemente, a bom porto. Nesse ano, o imperador submeteu os protestantes e fez exigir, através do Édito de Restituição, a devolução dos bens eclesiásticos confiscados a partir de 1552. A pressão que exerceu sobre os príncipes aumentou, e em tudo este cenário fazia lembrar o de Carlos V, no seguimento da sua vitória sobre a Liga de Esmalcalda. Porém, Fernando II viu-se obrigado a reconhecer que os príncipes alemães e as potências rivais não estavam dispostos a consentir tão impavidamente à hegemonia da Casa de Habsburgo. Os príncipes católicos, liderados por Maximiliano da Baviera, exortaram, pela força, à destituição de Wallenstein; e, em 1630, o rei Gustavo Adolfo da Suécia, com o suporte financeiro da França, desembarcou na Pomerânia. A campanha dos príncipes alemães suscitara-lhe o interesse, contudo os seus objectivos de soberania política, mormente na zona do mar Báltico, ameaçada por Wallenstein, em 1629, eram-lhe caros.
A jornada vitoriosa da Suécia, através da Alemanha até à Baviera e às fronteiras dos domínios hereditários dos Habsburgo, foi entusiasticamente apoiada pela França, uma vez que o líder carismático da política francesa, o Cardeal Richelieu, antecipava, na situação, a oportunidade de romper por definitivo com a preeminência dos Habsburgos. Para o dignitário da Igreja Católica, o vínculo de uma religião comum por si só não bastava para lograr na união política; a razão de Estado tinha de se impor. Na sequência da morte de Gustavo Adolfo na Batalha de Lutzen, em 1632, e do assassinato de Wallenstein, dois anos depois, os protestantes assinaram a paz com o imperador. Ainda assim, a guerra prosseguiu por forma a estabelecer um equilíbrio e uma hegemonia em solo europeu. A França viu-se impelida a intervir, auxiliando a Suécia, após o seu desaire em Nördlingen. O Sacro Império tornou-se, assim, o maior campo de batalha da Europa, jogando-se o destino do continente pelos países em litígio.
A Paz de Vestefália selou, por assim dizer, o conflito, triunfando a França e a Suécia. O Sacro Império saiu derrotado. A França distendeu o seu território desde a fronteira leste até ao Reno. Conseguiu incorporar, definitivamente, os bispados de Metz, Toul e Verdun e pequenas áreas da Alsácia, à custa do Império e de alguns domínios dos Habsburgo. A Suécia anexou a foz dos mais relevantes rios alemães, consolidando a sua posição na Pomerânia ocidental - a zona do Báltico. A Suiça e as Províncias Unidas desvincularam-se do Sacro Império, seguindo o seu caminho como entidades políticas, na lógica de equilíbrio que a paz de Vestefália trouxe à Europa. Por sua vez, alguns príncipes alemães, como, por exemplo, o de Brandeburgo e o da Baviera, alargaram os seus domínios, fazendo perder, assim, a solidez e a unidade do Império, pelo reforço dos regionalismos locais. Todos estes Estados alcançaram a plena soberania, podendo firmar alianças com potências estrangeiras. À partida, estava vedada a possibilidade de se estabelecer qualquer aliança que fosse contra o imperador ou os seus interesses; no entanto, a imposição foi ignorada pelos príncipes.
O território austríaco não se ressentiu sobremodo da guerra, mas o enfraquecimento do Império teve como consequência a diminuição do poder do imperador, facto agravado pelas potências que saíram vitoriosas, França e Suécia, os garantes da Paz, que ganharam a possibilidade de ingerir nos assuntos internos do Império.
No campo confessional, as cláusulas da paz religiosa de Augsburgo, de 1555, abrangeram também os calvinistas do Sacro Império. Foram reconhecidos os mesmos direitos a todos os cultos e, a partir de 1624, dever-se-ia tornar normativa a inserção de cada confissão num determinado espaço geográfico.
A Guerra dos Trinta Anos atingiu, para a época, perdas significativas em homens e bens. Não obstante, o conflito, que resultou na Paz de Vestefália, traria, para o quadro das relações internacionais, o conceito de Estado-Nação.